Прокурор играет ключевую роль в механизме заключения досудебного соглашения о сотрудничестве, поскольку ему предстоит поддерживать обвинение в суде и доказывать там те обстоятельства, для процессуального установления которых соглашение и заключается. Поэтому именно он рассматривает как само ходатайство обвиняемого, так и поддерживающее его постановление следователя о возбуждении ходатайства о заключении с обвиняемым соглашения о сотрудничестве, исходя опять-таки из интересов полного, всестороннего и объективного установления обстоятельств дела и их успешного доказывания в суде. В течение трех суток с момента поступления этих документов прокурор может: а) либо удовлетворить оба ходатайства (обвиняемого и следователя); б) либо отказать в их удовлетворении (ч. 1 ст. 317.2 УПК РФ). В последнем случае постановление прокурора может быть обжаловано следователем, обвиняемым или его защитником вышестоящему прокурору (ч. 2 ст. 317.2 УПК РФ). Например, следователь вправе настаивать на том, что без предоставления обвиняемым обещанной информации расследование преступной деятельности не может быть успешным и получить необходимые доказательства не удастся.

,Если прокурор принял решение об удовлетворении ходатайства о заключении досудебного соглашения о сотрудничестве, то он приглашает следователя, обвиняемого и его защитника и вместе с ними составляет текст досудебного соглашения о сотрудничестве, в котором указываются сведения, перечисленные в ч. 2 ст. 317.3 УПК РФ. Соглашение подписывается прокурором, обвиняемым и его защитником. Необходимо отметить, что потерпевший не имеет никакого отношения к процедуре заключения досудебного соглашения о сотрудничестве и не рассматривается в качестве его стороны. Этим подчеркивается, что досудебное соглашение заключается не в интересах обвиняемого как частного лица, а в интересах расследования в целом, которые по определению не могут противоречить интересам потерпевшего.